خسارات و عوارض جسمی و روانی ناشی از جنگ تحميلي عراق علیه ایران موجب شد ارائه خدمات تخصصي سلامت در صدر توجهات مسئولين قرار گرفته و با ايجاد و گسترش مراكز خدماتي ويژه، اين مهم تا حدود زيادي تحقق يافت. با محول شدن امور جانبازان به بنیاد شهید و امور ایثارگران، تشكيل يك نهاد پژوهشي براي این عزیزان ضروري شناخته شد.
پژوهشکده مهندسی و علوم پزشکی جانبازان به منظور انجام تحقیقات بنیادی و کاربردی با هدف ارتقاء سطح سلامت جانبازان و ایثارگران فعالیت خود را با اخذ مجوز از وزارت علوم با حمایت و پوشش بنیاد مستضعفان و جانبازان از سال 1369 و با نام مرکز عالی پژوهش های تجهیزات پزشکی و مهندسی توانبخشی جانبازان شروع نموده و در سال 1376 مجوز فعالیت از شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی را تحت عنوان پژوهشکده مهندسی و علوم پزشکی جانبازان اخذ نمود.
این پژوهشکده ابتدا به بنیاد مستضعفان و جانبازان انقلاب اسلامی وابسته بوده و پس از موافقت مقام معظم رهبری در سال 1383 در خصوص تجمیع ماموریت ارائه خدمات به خانواده معزز شهدا، جانبازان و آزادگان در بنیاد شهید و امور ایثارگران، طی صورت‌جلسه‌ای تمامی اختیارات مدیریتی و مالکیتی این بنیاد در سازمان امور جانبازان به بنیاد شهید و امور واگذار شده است و از آن تاریخ این پژوهشکده تحت مالکیت بنیاد شهید و امور ایثارگران است.
فعالیت های پژوهشکده بر اساس اهداف ذیل طراحی شده است:
- سیاست گزاری، برنامه ریزی و نظارت بر پژوهش های جامعه ایثارگری در سطح ملی
- مرجعیت علمی و پژوهشی در حیطه آسیب های جنگی و سلامت ایثارگران
- تحقیقات بنیادی و کاربردی با هدف ارتقاء سطح سلامت جانبازان و ایثارگران
- تعامل و هماهنگی با مراکز دانشگاهی جهت پژوهش در حیطه سلامت ایثارگران
- پاسخگویی به نیازهای پژوهشی و آموزشی در حیطه سلامت ایثارگران با رویکرد حل مسئله
- تالیف، حفظ و صیانت از داده های پژوهشی/ بیوبانک جامعه ایثارگری و ایجاد پایگاه داده ها
- تسهیل و توسعه فرایندهای پژوهش در حیطه سلامت ایثارگران
